หลังคำสั่ง 66 โคลนตายและในที่สุดก็ถูกแทนที่โดยสตอร์มทรูปเปอร์ที่จักรวรรดิคัดเลือกจากทั่วกาแล็กซี แต่ก่อนที่โปรแกรม Order 66 ของ Sheev Palpatine จะเริ่ม กองทหารโคลนยืนอยู่ข้างเจไดและกลายเป็นเพื่อนกัน
เกิดอะไรขึ้นกับโคลนที่เหลือ
ทหารโคลนที่เหลือยังคงดำเนินต่อไป เพื่อรับใช้จักรวรรดิหลังจากการผลิตโคลนนิ่งสิ้นสุดลงที่ Kamino จำนวนผู้เสียชีวิตที่ลดลงหลังจากสิ้นสุดสงครามทำให้จักรวรรดิสามารถระงับการผลิตโคลนโดยไม่กระทบกระเทือนกำลังคนอย่างใหญ่หลวง เนื่องจากการเกณฑ์ทหารใหม่ที่ไม่ใช่โคลนได้เข้ายึดครอง
ทำไมพวกเขาถึงหยุดใช้โคลน
จักรวรรดิหยุดใช้กองทัพโคลน หลังคำสั่ง 66 เขาประสบความสำเร็จในการก่อตั้งจักรวรรดิ แต่เขารู้ดีว่าจะมีการต่อต้าน … จักรวรรดิฝึกโคลนกลุ่มสุดท้าย จากนั้นจึงสิ้นสุดโครงการทั้งหมด
เกิดอะไรขึ้นกับโคลนในชุดที่ไม่ดี
การเปลี่ยนผ่านสู่มนุษย์
เกรเกอร์แจ้งให้พวกเขาทราบถึงการเปลี่ยนแปลง และพวกเขารู้ว่ามีบางอย่างเกิดขึ้นกับจักรวรรดิ และในตอนที่ 15 เมื่อพวกเขากลับมาที่คามิโนะเพื่อตามหาฮันเตอร์ (ซึ่งถูกจับกุม) พวกเขาก็พบกับเซอร์ไพรส์ที่ยิ่งใหญ่กว่านั้น: ไม่พบร่างโคลนเลย.
โคลน Force 99 ดำเนินการคำสั่ง 66 หรือไม่
จี้ด่วนโดยเพื่อนร่างโคลนกัปตันเร็กซ์ ซึ่งสามารถฟื้นเจตจำนงอิสระของเขาและช่วยอดีตเจได Ahsoka Tano ตามคำสั่ง66 ในตอนจบของซีรีส์ The Clone Wars ทั้งหมด ยกเว้นการยืนยัน Clone Force 99 ไม่ยอมจำนนต่อคำสั่ง 66.