แบบจำลองที่คล้ายคลึงกันสามารถใช้ เพื่อระบุความแตกต่างที่ละเอียดอ่อนระหว่างโปรตีนที่เกี่ยวข้องซึ่งยังไม่ได้รับการแก้ไขทั้งหมดในเชิงโครงสร้าง ตัวอย่างเช่น วิธีการนี้ใช้เพื่อระบุไซต์ที่ผูกกับไอออนบวกบน Na+/K+ ATPase และเพื่อเสนอสมมติฐานเกี่ยวกับความสัมพันธ์ในการผูกมัดที่แตกต่างกันของ ATPase.
รูปแบบคล้ายคลึงกันใช้ทำอะไร
Homology modeling เป็นหนึ่งในวิธีการทำนายโครงสร้างทางคอมพิวเตอร์ที่ ใช้เพื่อกำหนดโครงสร้างโปรตีน 3 มิติจากลำดับกรดอะมิโน ถือว่าเป็นวิธีการทำนายโครงสร้างทางคอมพิวเตอร์ที่แม่นยำที่สุด ประกอบด้วยหลายขั้นตอนที่ตรงไปตรงมาและใช้งานง่าย
การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกันคืออะไรและทำไมจึงจำเป็น
การสร้างแบบจำลองโฮโมโลยีได้ โครงสร้างสามมิติของโปรตีนเป้าหมายตามความคล้ายคลึงกันระหว่างเทมเพลตและลำดับเป้าหมาย และเทคนิคนี้พิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพเมื่อต้องศึกษาโปรตีนเมมเบรนที่ ตกผลึกได้ยากเหมือน GPCR เนื่องจากให้ความเข้าใจใน … ในระดับที่สูงขึ้น
คุณทำแบบเดียวกันได้อย่างไร
การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกันมีหลายขั้นตอน
- การเลือกเทมเพลตโดยใช้ลำดับเป้าหมายของคุณ เพื่อจุดประสงค์นี้ คุณสามารถค้นหา BLASTp เทียบกับโครงสร้างโปรตีน (PDBs) ที่มีอยู่ทั้งหมด …
- การจัดแนวเทมเพลตและลำดับเป้าหมาย …
- คุณภาพของโมเดลของคุณ …
- ละเอียดของโมเดลของคุณตามลำดับ
การสร้างแบบจำลองที่คล้ายคลึงกันที่ดีคืออะไร
ถ้าเรากำหนด "แบบจำลองความคล้ายคลึงที่ประสบความสำเร็จสูง" ให้เป็นแบบที่มี <=2 Å rmsd จากโครงสร้างเชิงประจักษ์ แล้ว เทมเพลตต้องมี >=60% เอกลักษณ์ของลำดับกับเป้าหมายเพื่อความสำเร็จ อัตรา >70% แม้ในลำดับสูง (60-95%) แบบจำลองความคล้ายคลึงกันมากถึงหนึ่งในสิบมี rmsd >5 Å เทียบกับ