เมื่อใดควรใช้ความคล้ายคลึงกัน?

2024 ผู้เขียน: Elizabeth Oswald | [email protected]. แก้ไขล่าสุด: 2024-01-13 00:13

แบบจำลองที่คล้ายคลึงกันสามารถใช้ เพื่อระบุความแตกต่างที่ละเอียดอ่อนระหว่างโปรตีนที่เกี่ยวข้องซึ่งยังไม่ได้รับการแก้ไขทั้งหมดในเชิงโครงสร้าง ตัวอย่างเช่น วิธีการนี้ใช้เพื่อระบุไซต์ที่ผูกกับไอออนบวกบน Na⁺/K^{+ ATPase และเพื่อเสนอสมมติฐานเกี่ยวกับความสัมพันธ์ในการผูกมัดที่แตกต่างกันของ ATPase.}

รูปแบบคล้ายคลึงกันใช้ทำอะไร

Homology modeling เป็นหนึ่งในวิธีการทำนายโครงสร้างทางคอมพิวเตอร์ที่ ใช้เพื่อกำหนดโครงสร้างโปรตีน 3 มิติจากลำดับกรดอะมิโน ถือว่าเป็นวิธีการทำนายโครงสร้างทางคอมพิวเตอร์ที่แม่นยำที่สุด ประกอบด้วยหลายขั้นตอนที่ตรงไปตรงมาและใช้งานง่าย

การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกันคืออะไรและทำไมจึงจำเป็น

การสร้างแบบจำลองโฮโมโลยีได้ โครงสร้างสามมิติของโปรตีนเป้าหมายตามความคล้ายคลึงกันระหว่างเทมเพลตและลำดับเป้าหมาย และเทคนิคนี้พิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพเมื่อต้องศึกษาโปรตีนเมมเบรนที่ ตกผลึกได้ยากเหมือน GPCR เนื่องจากให้ความเข้าใจใน … ในระดับที่สูงขึ้น

คุณทำแบบเดียวกันได้อย่างไร

การสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกันมีหลายขั้นตอน

1. การเลือกเทมเพลตโดยใช้ลำดับเป้าหมายของคุณ เพื่อจุดประสงค์นี้ คุณสามารถค้นหา BLASTp เทียบกับโครงสร้างโปรตีน (PDBs) ที่มีอยู่ทั้งหมด …
2. การจัดแนวเทมเพลตและลำดับเป้าหมาย …
3. คุณภาพของโมเดลของคุณ …
4. ละเอียดของโมเดลของคุณตามลำดับ

การสร้างแบบจำลองที่คล้ายคลึงกันที่ดีคืออะไร

ถ้าเรากำหนด "แบบจำลองความคล้ายคลึงที่ประสบความสำเร็จสูง" ให้เป็นแบบที่มี <=2 Å rmsd จากโครงสร้างเชิงประจักษ์ แล้ว เทมเพลตต้องมี >=60% เอกลักษณ์ของลำดับกับเป้าหมายเพื่อความสำเร็จ อัตรา >70% แม้ในลำดับสูง (60-95%) แบบจำลองความคล้ายคลึงกันมากถึงหนึ่งในสิบมี rmsd >5 Å เทียบกับ