การจับรูปแบบโครโมโซม (3C) ตามวิธี เปิดเผยการจัดโครงสร้างโครโมโซมภายในนิวเคลียสโดยกำหนดระยะใกล้ทางกายภาพของจุดคู่ตามโครมาติน พวกเขารักษาปฏิสัมพันธ์ของโครมาตินโดยการเชื่อมโยงข้ามตามด้วยการแยกส่วน ligation และการจัดลำดับของภูมิภาคที่มีปฏิสัมพันธ์
การจับโครงสร้างของโครโมโซมทำงานอย่างไร
จับโครงสร้างโครโมโซมบนชิป (4C) จับปฏิสัมพันธ์ระหว่างโลคัสหนึ่งกับโลคัสจีโนมอื่นๆ ทั้งหมด มันเกี่ยวข้องกับขั้นตอน ligation ที่สอง เพื่อสร้างชิ้นส่วน DNA ที่หมุนเวียนในตัวเอง ซึ่งใช้เพื่อทำ PCR ผกผัน … ในไมโครอาร์เรย์เดียว สามารถวิเคราะห์การโต้ตอบได้ประมาณหนึ่งล้านรายการ
การจับรูปแบบโครมาตินคืออะไร
การจับรูปแบบโครมาติน (3C) คือ เทคนิคสำคัญที่ใช้ในการศึกษาโครงสร้างโครมาติน รวมทั้งพื้นฐานสำหรับเทคนิคอนุพันธ์อื่นๆ อีกหลายอย่าง … โปรโตคอลนี้เกี่ยวข้องกับการเชื่อมโยงข้ามเซลล์ของฟอร์มัลดีไฮด์ ตามด้วยการแยกโครมาตินและการย่อยด้วยเอ็นไซม์จำกัด
การจัดลำดับ Hi-C ทำงานอย่างไร
วิธีการ Hi-C ขยาย 3C-Seq เพื่อทำแผนที่โครมาตินที่ติดต่อทั่วทั้งจีโนม และยังถูกนำไปใช้กับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ในแหล่งกำเนิดของโครมาตินอีกด้วย ในวิธีนี้ สารเชิงซ้อนของดีเอ็นเอ-โปรตีนจะถูกเชื่อมขวางกับฟอร์มาลดีไฮด์ ตัวอย่างมีการแยกส่วน และ DNA จะถูกสกัด มัด และย่อยด้วยเอ็นไซม์จำกัด
เทคนิค Hi-C คืออะไร
เทคนิค Hi-C แบบคลาสสิกเกี่ยวข้องกับ การย่อยแบบจำกัดของจีโนมเชื่อมขวางฟอร์มาลดีไฮด์ที่มีเอ็นไซม์จำกัดเฉพาะลำดับ ตามด้วยเติมและซ่อมแซมปลายที่ย่อยด้วยการรวมตัวของ นิวคลีโอไทด์ที่เชื่อมโยงกับไบโอติน ปลายที่ซ่อมแซมแล้วจะถูกผูกใหม่