พันธะเปปไทด์มีระนาบ ทรานส์ โครงรูป และผ่าน หมุนน้อยมาก หรือบิดรอบพันธะเอไมด์ที่เชื่อมโยงไนโตรเจน α-อะมิโนของกรดอะมิโนหนึ่งตัวกับคาร์บอนิลคาร์บอน ถัดไป (ภาพที่ 4-1).
ทำไมห้ามหมุนพันธะเปปไทด์
เหตุใดจึงห้ามไม่ให้มีการหมุนเวียนพันธะเปปไทด์ และผลที่ตามมาของการขาดการหมุนคืออะไร? พันธะเปปไทด์มีอักขระพันธะคู่บางส่วน ซึ่งป้องกันการหมุน การขาดการหมุนนี้จะจำกัดโครงสร้างของกระดูกสันหลังของเปปไทด์และจำกัดโครงสร้างที่เป็นไปได้
พันธะเปปไทด์สามารถโค้งงอได้หรือไม่
เนื่องจากกระดูกสันหลังของโพลีเปปไทด์ที่ยึดไว้ด้วยกันโดยพันธะเปปไทด์คือ ยืดหยุ่นได้ (เพราะ "การหมุนรอบพันธะเหล่านั้น") โซ่สามารถงอ บิดได้ และโค้งงอเป็นรูปทรงสามมิติที่หลากหลายมาก
พันธะเปปไทด์ย้อนกลับได้หรือไม่
แม้ว่าพันธะเปปไทด์ การก่อตัวสามารถย้อนกลับได้ด้วยการเติมน้ำ (ไฮโดรไลซิส) พันธะเอไมด์มีความคงตัวมากในน้ำที่ pH เป็นกลาง และการไฮโดรไลซิสของพันธะเปปไทด์ในเซลล์ ยังควบคุมด้วยเอนไซม์
พันธะเปปไทด์มีทิศทางหรือไม่
แม้ว่ารูปทรงของกลุ่มเปปไทด์จะได้รับการแก้ไข แต่พันธะที่ด้านใดด้านหนึ่งของอัลฟาคาร์บอนก็สามารถหมุนได้ ซึ่งช่วยให้มีความยืดหยุ่นในกระดูกสันหลังของเปปไทด์ … ลำดับกรดอะมิโน ในโปรตีนมีทิศทางหรือการวางแนวที่กำหนดโดยกลุ่มการทำงานที่ส่วนท้ายของห่วงโซ่